MEIs que possuem débitos poderão realizar a baixa na inscrição?

Sim. Mesmo com dívidas atreladas ao seu CNPJ, é possível cancelar a inscrição como Microempreendedor Individual. Porém, isso não significa que essas dívidas deixarão de existir ou não estarão mais atreladas ao seu nome como pessoa física. A partir do momento em que a empresa é baixada, os débitos serão direcionados automaticamente para o CPF do ex-empreendedor.